Został utworzony w 1932 roku. Prace nad objęciem ochroną przyrody pienińskiej rozpoczęły się już w 1921 roku. Wtedy to z inicjatywy prof. W. Szafera wokół wzgórza zamkowego w Czorsztynie, na terenach należących do Stanisława K. Drohojowskiego powstał mały, 7,5-hektarowy rezerwat. Uznano także, że należy objąć ochroną większą część Pienin, a zwłaszcza Masyw Trzech Koron. Rozpoczęto żmudne prace nad wykupem gruntów od prywatnych właścicieli.
W 1924 roku zawarto porozumienie z rządem Czechosłowacji w sprawie wspólnego utworzenia przygranicznych obszarów chronionych i  uregulowania turystyki.
W 1932 roku prace zostały uwieńczone sukcesem i powstał „Park Narodowy w Pieninach” o powierzchni 423 hektarów. W tym samym roku na terenie Czechosłowacji w Pieninach także utworzono park narodowy. Park przed wojną był kilkakrotnie powiększany dzięki dalszemu wykupowi gruntów.
W 1955 roku odtworzono Park rozporządzeniem Rady Ministrów o utworzeniu Pienińskiego Parku Narodowego i powiększono go do ponad 2200 hektarów.
Po stronie słowackiej park narodowy ma powierzchnię nieco ponad 2000 hektarów.
W 1996 roku PPN został powiększony o dalsze tereny – włączono w obręb Parku rezerwaty: Zamek Czorsztyn, Zielone Skałki i Lasek.
Obecnie PPN zajmuje obszar blisko 2350 hektarów i chroni najcenniejsze przyrodniczo i krajobrazowo fragmenty Pienin.

Siedziba PPN znajduje się w Krościenku. Symbolem jest masyw Trzech Koron. Park prowadzi zakrojoną na dużą skalę działalność naukową i dydaktyczną.

Pieniny są jednymi z piękniejszych gór Europy – to taka miniaturka wysokich gór. (Najbardziej znany szczyt Trzy Korony ma zaledwie 982 m n.p.m).

71% powierzchni Parku pokrywają lasy. Jednak najbardziej charakterystyczne dla Pienin są wysokie ściany skalne, zbudowane z wapieni, i ukwiecone łąki na łagodnie opadających stokach.
O urodzie Pienin decyduje także Przełom Dunajca – największy w Polsce przełom rzeczny. Siedem zakrętów i trzy zakola, oraz opadające stromo kilkusetmetrowe, wapienne urwiska, tworzą niepowtarzalne piękno.

Roślinność Pienin jest bardzo bogata gatunkowo. Jest to wynikiem wielu czynników. Wapiennego podłoża tych gór, zróżnicowania geomorfologicznego i specyficznego mikroklimatu, braku zlodowaceń, bliskiego sąsiedztwa Tatr i wapiennych pasm górskich Słowacji, skąd Dunajcem przedostało się bardzo dużo ciekawych roślin.
Królują tu dolnoreglowe lasy. Na stokach północnych występuje głównie buczyna karpacka, a na południowych ciepłolubna buczyna i jedlina z domieszkami innych drzew liściastych (są tu jedyne w Polsce stanowiska turzycy białej i wiechliny styryjskiej). Spotkać można także rzadki w Polsce zespół jaworzyny górskiej – występuje on głównie w głębokich, cienistych żlebach i wąwozach.
Na odsłoniętych południowych grzbietach i półkach skalnych rosną reliktowe laski sosnowe.
W PPN na szczególną uwagę zasługują endemiczne zbiorowiska górskich muraw naskalnych. Rośnie w nich sesleria skalna i kostrzewa blada, wiosną na półkach skalnych zakwita na żółto smagliczka skalna. Występuje mniszek pieniński – roślina, która nie rośnie nigdzie poza Pieninami.
Najciekawsza roślinność występuje w Masywie Trzech Koron, Wąwozie Sobczańskim i na niedostępnej północnej ścianie Smolegowej Skały.
Łąki pienińskie, powstałe tak siłami natury, jak i w wyniku działalności człowieka, charakteryzują się ogromną różnorodnością gatunkową występujących tu roślin. Rośnie tu m. in. okazała roślina, ostrożeń głowacz.
Na szczególną uwagę zasługuje tzw. umiarkowanie sucha łąka pienińska, której pod względem bogactwa roślinnego nie dorównuje żadna tego typu łąka w Polsce. Rośnie tu  m. in. 8 gatunków storczyków.
W PPN występuje około 1100 gatunków roślin naczyniowych, 52 gatunki chronione, 400 gatunków glonów, ponad 300 gatunków mchów i wątrobowców, 400 gatunków porostów i około 600 gatunków grzybów kapeluszowych.
Roślinami, które na terenie Polski występują wyłącznie w Pieninach, są pszonak pieniński – tutejszy endemit, pienińska odmiana bylicy piołunu, chaber pieniński, złocień Zawadzkiego i jałowiec sabiński,który poza Pieninami nie występuje nigdzie indziej w Karpatach Zachodnich, oraz tawuła średnia, która poza Pieninami występuje jeszcze tylko w Bieszczadach.
Spotkać tu można także rzadką paproć - języcznika zwyczajnego oraz lulecznicę kraińską.

Fauna Pienińskiego Parku jest także bardzo bogata. Żyje tu stale lub okresowo 48 gatunków ssaków. Występują tu m. in. ryś, żbik, borsuk, dzik, jeleń, sarna i kuna leśna. W licznych jaskiniach żyją nietoperze, których jest tu aż 15 gatunków. Najliczniejszy wśród nich jest rzadki już w Europie podkasaniec mały. Z rzadkich gryzoni warto wymienić mysz małooką, reprezentującą faunę stepową.
Żyje tu ok.160 gatunków ptaków, m. in. puchacz, bocian czarny, nagórnik, pomurnik i  kopciuszek.
 W PPN występuje 6 gatunków gadów, 9 gatunków płazów i ogromna masa bezkręgowców, w tym około 1600 motyli, w tym dwa najcenniejsze – niepylak apollo i niepylak mnemozyna. Na bukach w Masywie Trzech Koron występuje – wymierająca już w Polsce – nadobnica alpejska.

Dla turystów przygotowano 35 kilometrów szlaków turystycznych, w tym stanowiący atrakcję na skalę europejską, spływ tratwami przełomem Dunajca (jego trasę można przejść także pieszo Drogą Pienińską). Dużą  atrakcją są także galerie widokowe na Trzech Koronach i Sokolicy. Zamek w Czorsztynie, z uwagi na występowanie tu pszonaka pienińskiego, także cieszy się dużym zainteresowaniem turystów. Przy głównych wejściach do parku powstało 5 pawilonów Pienińskiego Parku Narodowego, w których bezpłatnie można zapoznać się z przyrodą Pienin oraz uzyskać informacje turystyczno-przyrodnicze. Przy trzech z nich (w Krościenku, Sromowcach Niżnych i Szczawnicy) istnieją ogródki skalne z charakterystycznymi dla pienińskich piargów i skał gatunkami roślin.

Bibliografia: